En el año de 2009 derivado  del  Plan de Desarrollo Chiapas Solidario 2007-2012 se reconoce la necesidad de ampliar la oferta educativa profesional, fundamentalmente en los campos del conocimiento que procuren el aprovechamiento de los recursos naturales del Estado, sin menoscabo del ambiente, y determina como los principales retos que la educación superior debe atender a la equidad, la cobertura y la calidad, debiendo consolidar su vinculación con los sectores institucional, productivo y social en la áreas estratégicas de desarrollo de la entidad. El Proyecto Académico 2014-2018 de la Universidad Autónoma de Chiapas, se centra en la calidad educativa, la responsabilidad social, la internacionalización, la gestión y evaluación institucional y dos programas emergentes como pilares fundamentales para el desarrollo de nuestra Universidad. 

Aunado al Programa Sectorial de Educación 2007-2012 el cual tenía como objetivos “ampliar las oportunidades educativas para reducir desigualdades entre grupos sociales, cerrar brechas e impulsar la equidad, una mayor igualdad de oportunidades educativas, de género, entre regiones y grupos sociales como indígenas, inmigrantes y emigrantes, personas con necesidades educativas especiales”, para lograrlo, fue necesaria la ampliación de la cobertura, el apoyo al ingreso y la permanencia de los estudiantes en la Escuela, el combate al rezago educativo y mejoras sustanciales a la calidad y la pertinencia. Las políticas públicas municipales en Chiapas proponen criterios y acciones en materia de desarrollo agropecuario, con la participación coordinada de la sociedad civil, en el marco normativo de los sistemas estatal y nacional para el desarrollo rural. La región de Mezcalapa, integrada por los Municipios de San Fernando, Copainalá, Coapilla, Ocotepec, Osumacinta, Tecpatán, Francisco León, Mezcalapa y Chicoasen carece de servicios educativos de tipo superior. Al respecto, el Plan de Desarrollo Institucional 2018 de la UNACH menciona que la Universidad, consciente de su elevada misión social, ha impulsado desde 1995 experiencias académicas vinculadas con la planeación y la programación del desarrollo Estatal, mediante la creación de instrumentos de práctica educativa en entornos reales que articulan a la Universidad con la Sociedad.

En respuesta a todo lo anterior en su 1ª Sesión Ordinaria de fecha 5 de febrero de 2009, el Secretariado Conjunto de la Comisión Estatal para la Planeación de la Educación Superior (COEPES), acordó por unanimidad validar el proyecto denominado “Ampliación de la oferta educativa de la UNACH con sedes que operen modalidades presencial y mixta” que comprende la Creación del Centro Mezcalapa de Estudios Agropecuarios presentado en el marco del Fondo de Ampliación de la Oferta Educativa de Nivel Superior 2009, de la Secretaría de Educación Pública.

En Sesión Ordinaria de fecha 31 de julio de 2009 y 24 de septiembre de 2010, el Pleno del H. Consejo Universitario, acordó aprobar en lo general el Plan y Programa de Estudios de la Licenciatura en Medicina Veterinaria y Zootecnia e Ingeniería en Agronomía.

 En 2014, se instituyen los órganos colegiados necesarios y en pleno de la 2ª sesión ordinaria de Consejo Universitario se aprueba la solicitud de subir de rango a Escuela de Estudios Agropecuarios Mezcalapa. En junio de 2015, se designa por la Honorable Junta de Gobierno el primer Director de la Escuela. Actualmente la institución oferta dos carreras a nivel de licenciatura: Medicina Veterinaria y Zootecnia e Ingeniería en Agronomía.